Das Johanneum bietet eine gründliche biblisch-theologische und praxisnahe Ausbildung:
Neben den klassischen theologischen Disziplinen (Altes Testament, Neues Testament, Kirchengeschichte, Systematische Theologie, Praktische Theologie)
werden auch humanwissenschaftliche Fächer (z.B. Psychologie, Pädagogik und Soziologie)
und allgemeinbildende Fächer (Philosophie, Musik, Sport) unterrichtet.
Ein Schwerpunkt der Ausbildung liegt in den
Praxisfächern (z.B. Jugendarbeit, Gemeindepädagogik, Verkündigung, Seelsorge, Religionspädagogik, Spielpädagogik)
und in den Praktika (z.B. in den Bereichen Gemeinde, Diakonie, Jugend, Freizeit, Schule)